¿Cuáles serían las Implicaciones legales para IVA e ISR?

Hola, tengo una duda, quisiera ver si me pueden ayudar., con las implicaciones legales para IVA e ISR

Es una persona moral y esto es lo que sucede:

1. Los clientes en ocasiones pagan con depósitos a la cuenta del representante legal
 2. Algunos de los pagos a proveedores son efectuados de esa cuenta bancaria (del representante legal)
 

Agradezco de antemano.