Hola Juanitza,
Para poder ayudarle necesitaria más detalles de la actividad del contribuyente.
En primer lugar si he entendido bien, el es Mexicano pero presta servicios en el extranjero, esto me plantea dudas. ¿Es residente en el extranjero o en territorio nacinal?¿Se dedica a exportar o directamente produce alli?
¿De donde provienen los ingresos que obtiene? (salarios, honorarios, arrendamientos, enajenación de acciones, intereses, dividendos, actividades artisticas...).
Lo que le puedo decir esque la factura debe salir con IVA pues el estado mexicano sujeta a gravamen a toda persona cuya residencia se ubique en territorio nacional respecto a la totalidad de sus ingresos, incluidos los obtenidos de fuente extranjera.
Sin datos es dificil poder ayudarte Juan pero te recomiendo que le eches un vistazo a la Ley del IVA, Cap 6 (De la exportación de bienes o servicios).
Aquí podras descargar la Ley en teoría.
Un saludo.