¿No he entregado ninguna factura a la empresa donde trabajo, que problemas legales puedo tener?

Explico mi caso, tengo mas de 1 año que ingrese a una empresa a trabajar, el pago es mixto por lo que una parte es por nómina y la otra por factura; como toda empresa la parte por nómina me la expide otra persona, la parte de honorarios/factura la expide la empresa, el problema es que cuando entre el SAT no me permitia generar las facturas debido a un problema con mi estatus, por lo que en tratar de resolverlo el tiempo se ha venido encima, situación por la cual no he emitido ninguna factura, otro de los aspecto radica en que la empresa donde trabajo no ha realizado ninguna retención del pago, por lo que me han entregado integro el dinero, recientemente se me estan presentando nuevas ofertas laborales y el problema es que ignoro si salirme de la empresa sin haber entregado un comprobante fiscal me puede generar problemas graves, mi régimen es la de Persona Física con Actividad Empresarial, al exponerle esta situación a mi contador el me ha dado como respuesta que no pasaría nada, ya que es responsabilidad de la empresa el notificarle al SAT parte de las retenciones, al revisar mi estatus el me comenta que efectivamente no hay ningun reporte ante el SAT, y su argumento es que aunque la empresa le reporte al SAT que no he emitido factura alguna, el SAT no podría hacerme nada dado que es responsabilidad de ellos el haberlo reportado. 

Quisiera saber si eso es cierto, en que problemas legales graves me podría meter, si existe alguna forma legal de ampararme o en su defecto negociar el debido pago de impuestos ante hacienda a plazos.

Quedo a la espera de sus respuestas y comentarios. 

Saludos